A pesar de que todavía se puede hablar de una cierta calidad en el agua de algunos ríos jacetanos, otros, por el contrario la han perdido definitivamente. Los animales nos hablan de ello, y es que la cadena alimentaria de los ríos es delicada y las alteraciones provocadas por el hombre, rompiéndola desde la base, hacen que desaparezca, casi radicalmente la fauna autóctona. La densidad de población en la Jacetania, no es muy elevada y tampoco lo es su industrialización, pero en unos casos la gran cabaña ganadera, en otros las avalanchas puntuales de turistas han conseguido deteriorar en buena parte la calidad del agua.

Así, para encontrar determinadas especies, en la actualidad hay que remontar por encima de las poblaciones más grandes o en su caso de las estaciones deportivas.

En los ríos jacetanos, cabe destacar la presencia del pez más emblemático del Pirineo, la trucha común (Salmo trutta fario), acompañada de pequeños peces casi desconocidos, pero muchos de ellos endémicos de iberia y todos ellos en franca regresión, como el pez lobo (Neomacheilus barbatula) o la lamprehuela (Cobitis calderoni).

Entre las aves que exigen aguas muy  limpias, encontramos en la comarca al martín pescador (Alcedo atthis) y al mirlo acuatico (Cinclus cinclus). En todo el río Aragón, sorprende la presencia invernal de gran cantidad de garzas reales (Ardea cinerea) y muy recientemente de cormoranes grandes (Phalacrocórax carbo).